Fat32 a NTFS
Na druhou stranu systém souborů NTFS se narodil z souborového systému HPFS používaného operačním systémem OS / 2, což je spolupráce společností IBM a microsoft. Když smlouva neproběhla, některé funkce HPFS se objevily v systému souborů NTFS, když se objevila pro platformu WINDOWSNT. Od té doby byla vyvinuta a objevuje se v novější verzi systému Windows, jako je XP, Vista, a brzy bude vydán systém Windows 7. Microsoft vlastní patent na systém souborů NTFS, a proto nezveřejňuje žádné podrobnosti týkající se systému souborů, čitelný pro systémy Windows po dlouhou dobu, ačkoli existují již některé linuxové implementace, které jsou schopny přistupovat k jednotkám NTFS, ale bez svých prominentních funkcí.
Fat32 je velmi zjednodušující systém bez chmýří, který je také velmi zdokumentovaný. To opravdu neznamená nic jiného než sledovat, kde jsou soubory umístěny. To je důvod, proč se stala souborovým systémem pro většinu přenosných paměťových médií, jako jsou flash disky, přehrávače mp3 a paměťové karty.
Souborový systém NTFS je zcela opačný a nabízí několik vylepšení, které nejen zlepšují jeho výkon, ale i jeho bezpečnost. Jedním z nich je průhledná komprese souborů, která automaticky komprimuje soubor při jeho zápisu na disk. To by mohlo potenciálně uvolnit místo na disku, ale soubory by mohly nějakou dobu trvat. Další je diskové kvóty, kde správce systému může určit, kolik disků může určitý uživatel použít.
Výběr mezi souborovými systémy NTFS a FAT32 je relativně snadný úkol. Jednoduše řečeno, NTFS je lepší volbou, když jej chcete nasadit na počítačovém systému Windows. Nejen kvůli zlepšení rychlosti, ale také kvůli jeho mnoha funkcím. Není to však vhodné pro přenosná média, protože většina zařízení a jiných operačních systémů má potíže nebo jsou zcela nemožné přistupovat k jednotkám NTFS.